Résultats en quelques secondes

Fig. 1

La numérisation du code-barres permet d'enregistrer l'échantillon de manière numérique.

Source : Fa. bioMérieux

Enterococcus faecium

Staphylococcus aureus

Pseudomonas aeruginosa

Lors de la spectrométrie de masse MALDI TOF (Matrix-assisted Laser / Desorption Ionisation Time Of Flight), de petites quantités d’un échantillon sont placées dans une matrice à faible poids moléculaire. La bombardement laser et l’absorption du rayonnement laser permettent d’afficher des protéines ribosomales et leur représentation sous forme d’« empreinte digitale ». Les spectres de masse ainsi obtenus sont automatiquement analysés par la base de données, dont les résultats sont affichés.

La méthode MALDI TOF offre plusieurs avantages pratiques par rapport aux méthodes biochimiques ou moléculaires traditionnelles pour l’identification. Le premier point est le facteur temps : après l’introduction de l’échantillon préparé dans l’appareil, les résultats souhaités sont disponibles en quelques secondes. Comme il n’est pas nécessaire de faire un diagnostic préalable en vue de l’identification de l’agent pathogène, le traitement peut être effectué encore plus rapidement. La préparation de l’échantillon est généralement la même pour la plupart des micro-organismes, seule la procédure pour l’identification des levures et des moisissures est plus complexe. Avec MALDI TOF, il est possible – indépendamment du temps d’incubation et du milieu de culture dont l’échantillon est extrait – d’obtenir des résultats aussi fiables que précis.

Identifications en hygiène opérationnelle

Le spectromètre de masse MALDI TOF (société bioMérieux, VITEK MS) est validé pour l’identification de micro-organismes à partir de cultures incubées de 24 à 72 heures. Cependant, il est probable qu’en raison des avantages de la méthode, la possibilité d’effectuer des identifications directement à partir du produit original soit envisageable. L’accent est mis ici sur les cultures sur milieux solides tels que les plaques de contact ou de sédimentation, ainsi que sur les milieux issus des comptages de germes aériens et des bouillons.

L’objectif est d’obtenir, dans un délai aussi court que possible, une identification sommaire au minimum. Surtout lors de l’analyse d’échantillons issus du contrôle hygiénique, cela peut permettre d’économiser du temps et des coûts en ce qui concerne le processus de production.

Une manipulation rapide des échantillons d’hygiène conduit généralement à une réduction du temps de fonctionnement des équipements de production. De plus, en cas de dépassement des seuils d’action, il est possible de rechercher précisément les causes, ce qui peut influencer les processus de nettoyage. Si les résultats de l’identification sont disponibles plus rapidement, l’objet de l’analyse peut être libéré en temps voulu, ce qui entraîne des coûts de stockage moindres ou nuls. De plus, la validation du nettoyage peut être achevée plus rapidement, permettant ainsi une libération plus rapide des locaux.

Projet : Identification directe à partir d’échantillons originaux

Dans le cadre d’un projet, les micro-organismes présents sur des échantillons originaux issus du contrôle hygiénique (plaques de contact ainsi que milieux de culture pour le comptage de germes aériens) ont été utilisés pour l’identification avec le VITEK MS, sans étape de préparation supplémentaire. Les résultats de la méthode moléculaire ont été comparés à ceux de l’identification biochimique réalisée parallèlement, puis résumés dans un tableau (voir Fig. 1).

82 % des résultats correspondaient à ceux des méthodes biochimiques orthodoxes. Pour 18 % des mesures, aucun résultat d’identification n’a été indiqué. Les résultats reflètent les expériences déjà acquises avec le MALDI TOF MS.

Les staphylocoques et micrococques – mais aussi pseudomonades et entérocoques – sont identifiés avec de bons niveaux de confiance, à condition que le micro-organisme soit présent dans la base de données utilisée. Cependant, l’identification de certains bactéries pose encore des difficultés, notamment en raison de leurs caractéristiques de croissance spécifiques.

Par exemple, si elles forment des colonies visqueuses ou muqueuses (Bacilles, Lactobacilles) ou si elles ne présentent qu’une croissance microbienne très fine (corynéformes, Listeria), peu de masse est détectée. L’appareil ne fournit alors aucun résultat.

Les cultures mixtes ne sont pas reconnues en tant que telles, c’est pourquoi une nouvelle culture sur un milieu complet est indispensable. Celle-ci est également nécessaire pour la vérification finale de plausibilité. C’est pourquoi l’identification directe à partir d’un bouillon est également problématique.

De plus, certaines conditions doivent être remplies. Par exemple, un nombre de germes d’au moins 10^4 UFC/ml est nécessaire pour pouvoir utiliser le culot obtenu par centrifugation. Il ne doit pas y avoir d’autres composants, comme des gels ou des solides, qui pourraient perturber la mesure.

Il est généralement possible d’effectuer des identifications directement à partir d’échantillons originaux, en particulier pour les cultures sur milieux solides.